Lens.org познатата меѓународна организација која работи со обработка на метаподатоци, во делот научното-истражување го рангираше Универзитетот на Југоисточна Европа како лидер во објавувањето научни трудови од областа на бизнисот во Северна Македонија. Професори од Универзитетот на Југоисточна Европа, соодветно од Факултетот за бизнис и економија, објавија вкупно 149 научни трудови.
Универзитетот на Југоисточна Европа исто така е многу добро рангиран во областа на компјутерските науки и е втор во Северна Македонија.
