Нашиов Универзитет нуди широк избор од првиот циклус на тригодишни студиски програми (180 ЕКТС) со можност за редовни студии и студии од „дистанца“, кои всушност се преструктуирани вонредни студии. Овој вид на студии, претставува еден нов начин на студии, составен според потребите на студентите, кои поради разни причини не се во можност да ги следат редовните студии.

ЈИЕУ има 5 факултети и 35 студиски програми во универзитетските кампуси во Тетово и Скопје.

Универзитетот, исто така нуди и неколку студиски програми на вториот циклус на студии (последипломски) и на третиот циклус на студии (студии по докторатура), според системот 3+2+3.