Универзитетот на Југоисточна Европа исто такастана дел од повеќе меѓународни програми и проекти, активно учествувајќиво подготовката, спроведувањето и администрирањето на разни меѓународни програми и проекти. Главните меѓународни програми и проекти каде што нашиот универзитет има учествуван се: ТЕМПУС и FP7 (Седмата рамковна програма) финансирани од Европската комисија, RRPP (Регионалната програма за промоција на истражувањето во Западен Балкан), проекти финансирани од УНДП, проекти финансирани од АСО (Австриските канцеларии за наука и истражување) итн.