ЈИЕУ од самиот почеток на шестгодишното функционирање започна и со својот профил на високо образовна истражувачка институција. Во декември 2004 година Одборот на Универзитетот ја одобри стратегијата на Универзитетот за истражување со одговорност за имплементација на акциониот план на универзитетот за истражување. Во текот на овој период се конституираа одборите на индивидуалните истражувачки центри на факултетите и се назначија Директори на секој истражувачки центар.
Др. Денис Фарингтон е Проректор за истражување и меѓународна соработка а Дитурије Исмаили е одговорна на Канцеларијата за истражување. Како дел на стратегијата за подобрување на истражувањето Универзитетот го зголеми фондот за истражување и развој до 6% од буџетот на Универзитетот.

Универзитетот постепено ги промовира програмите за истражување и стипендии кои се поврзани со мисијата и имаат особен придонес за економскиот и општествениот развој на Македонија и во регионов не игнорирајќи го елементот за истражување и стипендии целосно за академски цели.

Квалитетот на истражувачките проекти се проценува преку доставување на предлози според примерок базиран на формални Правилници во кои се наведени потребните критериуми. Потоа, има дискусии на предлозите на истражувачката комисија кои се проследени со итеративен процес на амандмани, повторно доставување и одобрување со редовен мониторинг на успешни предлози од страна на Канцеларијата за истражување. Конечно, истражувачите ги презентираат нивните заклучоци на начин на кој може да се прошират надвор од Универзитетот преку конференции, издавање на текстови и Научниот магазин на ЈИЕУ.

Способноста да се генерираат надворешни фондови за поддршка на проектите за истражување е главен критериум за распределба на фондовите на Универзитетот. Канцеларијата за истражување обезбедува административна поддршка и нуди помош на Директорите за истражување на факултетите.