UEJL, në gjashtë vjetorin e aktivitetit të vet, filloi ta krijojë profilin e tij si Institucion hulumtues i arsimimit të lartë. Në dhjetor të vitit 2004, Bordi i Universitetit aprovoi Strategjinë e Universitetit për Hulumtim, me përgjegjësinë për implementimin e planit aksional për hulumtime në Universitet. Përgjatë kësaj periudhe, janë themeluar bordet e qendrave hulumtuese të fakulteteve përkatëse dhe janë emëruar drejtorë për secilën qendër të fakultetit.

Dr. Dennis Farrington është Pro-rektor për hulumtime dhe bashkëpunim ndërkombëtar dhe Diturije Ismaili është udhëheqëse e Zyrës për hulumtime shkencore. Si pjesë e strategjisë për përmirësimin e hulumtimit, Universiteti ka rritur fondin e hulumtimeve dhe zhvillimit për 6% të buxhetit të Universitetit.

Universiteti gradualisht promovon programet e hulumtimeve dhe bursave, të cilat janë të lidhura me misionin e tij, duke i kontribuuar, në veçanti zhvillimit ekonomik dhe social të Maqedonisë dhe rajonit, duke mos e mohuar elementin e hulumtimit dhe bursave që u dedikohen arsyeve akademike.

Cilësia e projekteve hulumtuese caktohet përmes procedurës së aplikimit të propozimeve, sipas një modeli të bazuar në Rregulloret formale, të cilat e parashikojnë qartë kriterin e nevojshëm. Pastaj, ka diskutime të draft-propozimeve në Komitetin për hulumtime shkencore, të ndjekur nga një proces shtesë i përsëritur, procedura të reja aplikimi dhe miratimi, me mbikëqyrje të rregullt të propozimeve të suksesshme nga Zyra për hulumtime. Në fund, hulumtuesit prezantojnë konkluzionet e tyre, në atë mënyrë që ato mund të shpërndahen menjëherë jashtë Universitetit, përmes konferencave, publikimit të teksteve ose duke i botuar të njëjtat në SEEU Review.

Mundësia për të gjeneruar fonde të jashtme për të përkrahur projektet hulumtuese është një ndër kriteret kryesore për alokimin e fondeve të Universitetit. Zyra për hulumtime shkencore ofron ndihmë administrative për drejtorët e qendrave hulumtuese të fakulteteve përkatëse.