Në pranverë të vitit 2000, Komisioneri i lartë i OSBE -së për pakicat nacionale, ka inicuar diskutimet për themelimin e një Universiteti të ri në Republikën e Maqedonisë, duke u përkrahur nga donatorë ndërkombëtarë. Pas miratimit të Ligjit për Arsim të Lartë nga Parlamenti i Maqedonisë, i cili lejoi krijimin e universiteteve nga themelues që nuk kanë të bëjnë me shtetin dhe i cili përkrahu mësimin në gjuhën shqipe, filloi planifikimi I krijimit të Universitetit në fund të vitit 2000. Ndërtimi filloi në mars të vitit 2001 dhe Universiteti i Evropës Juglindore (EJL) u hap gjashtë muaj më vonë. Në nëntor të vitit 2002, numri i studentëve arriti në 2250, ndërsa në tetor të vitit 2003, numri i studentëve arriti në 3700. Tani për tani në UEJL studjojnë 5200 studentë.

Universiteti është një institucion unik me pesë fakultete: Fakulteti juridik, Fakulteti i administrimit të biznesit, Fakulteti i administratës publike, Fakulteti i shkencave dhe teknologjive të komunikimit dhe Fakultetin e Trajnimit të Arsimtarëve. Universiteti gjithashtu ka edhe dy njësi të tjera akademike, Shkollën e lartë të Gjuhës Angleze dhe Shkollën e lartë të Teknologjive të Informacionit (Informatikës).

Universiteti i EJL-së, luan rol udhëheqës në zhvillimin e arsimit të lartë modern në vendin tonë dhe në Ballkanin Jugor. Ky është Universiteti i parë në Republikën e Maqedonisë ku ligjërohen lëndë kryesisht në gjuhën shqipe. Sidoqoftë, ka një politikë të përdorimit fleksibil të gjuhëve, e pajisur gjithashtu edhe me lëndë në gjuhën maqedone. Të gjithë studentët mësojnë gjuhën angleze (dhe sipas dëshirës, gjuhën frënge ose gjermane) për të lehtësuar mësimin e mëtejmë në anglisht, të ligjëruar nga personeli akademik ndërkombëtar dhe vizitues nga vendet e jashtme. Ky fakt është jashtëzakonisht i rëndësishëm për ata të cilët dëshirojnë të ndërtojnë karrierë, ku anglishtja është gjuha kryesore e komunikimit.

Faza e fillimit të zhvillimit të UEJL-së është mundësuar prej donacioneve nga shtetet anëtare të OSBE-së dhe BE-së dhe SHBA-të, me vlerë prej 36 milionë euro. Një pjesë e kontributit të Shteteve të Bashkuara i është dedikuar kontratës trevjeçare me Universitetin e Indianës (UI), që dha përkrahje maksimale në tre vitet e para në zhvillimin e stafit mësimdhënës dhe zhvillimin e plan-programeve. I njëjti program do të vazhdojë përkrahjen edhe për tre vitet e ardhëshme, duke filluar me vitin akademik 2004/2005.

Universiteti posedon ndërtesa mjaft komode, duke përfshirë këtu dy amfiteatro, afër 50 klasa mësimi, zyra moderne për personelin, dy qendra kompjuterike moderne, një labarator kompjuterik, një bibliotekë dhe dhoma banimi për 450 studentë. Sistemi i teknologjive të informimit të Universitetit është i lidhur me lidhje satelitore, që mundëson komunikimin me video-konferencë dhe transferin e shpejtë të të dhënave.

Sipas ligjit të Maqedonisë, Universiteti klasifikohet si institucion ‘privat’ për ta dalluar atë nga institucionet ‘publike’ të cilat financohen drejtpërsëdrejti nga shtetit. Si pasojë e kësaj, pagesat janë përgjithësisht më të larta nga institucionet të cilat financohen nga shteti. Për të përmirësuar mundësitë e inkuadrimit në studime të grupeve të nën-përfaqësuara ekziston një program për ndihmë financiare. Pasi që Universiteti po zgjerohet shumë më tepër se në fazën e tij fillestare të zhvillimit, parashihet që Universiteti të fitojë të drejtën e pjesërishme të financimit nga shteti, në kuadër të dispozitave të ligjit të arsimit të lartë të Maqedonisë.

Ligji për arsim të lartë kërkon që të gjitha institucionet e arsimit të lartë t’u nënshtrohen proceseve të autorizimit dhe akreditimit, të sigurojnë kualitetin e dispozitave akademike (duke përfshirë këtu edhe verifikimin e kualifikimeve akademike të personelit mësimdhënës), e në rast të institucioneve ‘private’ të sigurojnë mbështetje financiare. Universiteti i ka përmbushur të gjitha këto kërkesa dhe programet e tij janë të akredituara nga shteti. Të gjitha lëndët janë modulare dhe ndjekin shembullin e Sistemit Europian të Transferit të Kredive.

Universiteti i EJL-së tani kërkon të zhvillojë lidhje të forta me institucionet tjera akademike me qëllim të këmbimit të informatave, ideve, personelit dhe studentëve dhe të rrisë kualitetin e programeve të tij akademike. Kontrata formale për bashkëpunim janë nënshkruar me Universitetin e Indianës, Universitetin e Nantit, Anzhesë dhe Rennes 1, Universitetin e Pitsburgut në Pensilvani, Universitetin e Tiranës dhe Universitetin e Prishtinës.
Universiteti i EJL-së paraqet një vend ideal për personelin akademik që dëshiron të vazhdojë bëjë hulumtime shkencore në Ballkan, dhe mundësi për personelin e ri për të bërë hapat e para drejt një karriere akademike.

Universiteti është i pajisur me shumë mundësi të cilat ju shërbejnë studentëve në arritjen e qëllimeve në kuadër të diciplinave që ata i kanë zgjedhur. Duke dashur që të gjithë të diplomuarit të përfitojnë shtyllën akademike sa më solide, Universiteti poashtu ofron përkrahje dhe këshilla praktike sa i takon karrierës dhe ka nënshkruar marrëveshje bashkëpunimi me ndërmarrje private dhe publike që të mund të inkuadrojë studentët në punë praktikë të vazhdueshme dhe të munden të shfytëzojnë maksimalisht njohurinë dhe aftësitë e fituara në UEJL.